Năm 1508, Juan Ponce de León thành lập khu định cư Tây Ban Nha trên đảo Puerto Rico tại Caparra (đặt theo tên của tỉnh Cáceres, Tây Ban Nha, nơi sinh của vị thống đốc vùng lãnh thổ Caribbean Tây Ban Nha Nicolás de Ovando sau này),[3] ngày nay được biết đến là khu Pueblo Viejo của Guaynabo, nằm ngay phía tây của khu vực đô thị San Juan hiện đại. Nhưng do vấn đề không khí khu vực không lành mạnh nên các tu sĩ cho chuyển khu định cư ra đến gần vịnh San Juan và biển, họ phàn nàn do nhiều trẻ sơ sinh đã chết. Khu vực ưa thích của họ là hòn đảo nhỏ Puerto Rico (nghĩa là "cảng giàu" hoặc "cảng tốt"), vì các đặc điểm địa lý tương tự như đảo Gran Canaria thuộc quần đảo Canary. Mãi đến cuối nhiệm kỳ lãnh đạo của Ponce de León, họ mới có thể thực hiện mong muốn di chuyển. Đến năm 1521, việc di chuyển đã hoàn tất và địa điểm mới được biết đến là "Villa de Puerto Rico". Trong thời gian hòn đảo mang tên San Juan Bautista de Puerto Rico, đây là điểm giao dịch thương mại với vị trí hiện là thủ đô của Puerto Rico: San Juan.[4]

Theo Floyd, "Ponce đã cho xây dựng ngôi nhà bằng đá duy nhất trong làng, trong nhiều năm có chức năng của một cơ quan Casa de Contratacion, kho lưu trữ và kho vũ khí." Nó cũng trở thành ngôi nhà lâu dài của anh, nơi anh và gia đình sinh sống vào năm 1509.[5]